PCR技术从发明至今已有二十多年的时间,用于PCR实验的仪器不断的推陈出新。然而PCR的基本过程没有太大变化,包括变性-退火-延伸这三步。这其中包括反应条件、使用试剂的量甚至是引物等,很多研究者在进行PCR优化时都会考虑退火温度的优化,这时就会进行梯度PCR。而为什么要通过梯度PCR来优化以及如何解决梯度PCR优化后所不能解决的问题,这些对很多研究者来说可能并不是很清楚,本文中将会对此作一浅析。
二维梯度PCR是针对每台PCR仪如何设置合适的退火温度进行摸索。它是以合成引物的退火温度为参考值,在进行同一个PCR反应时,同时设置多个退火温度进行PCR实验。这些退火温度呈现梯度递增或递减,通过梯度PCR确定适合仪器的退火温度。我们知道在PCR仪上设置的温度是模块温度,但由于受到模块的材质及热传导效率、PCR反应管的厚度及与模块贴合的紧密性等因素的影响,模块的热能不能100%传递到反应管中,这就导致了模块温度与反应管中的温度的不一致性。
例如银质模块会比铝制模块导热性能好;薄壁的PCR管比厚壁的导热性能高;另外,反应管与模块的贴合的紧密程度来看,贴合越紧密导热性能越好。显示出反应管与模块之间存在一定的间隙这种情况会导致一定的热量损失。所以出现上述状况的原因是由于模块温度与样品温度的不一致性造成的。
二维梯度PCR应用领域:分子生物学、医学、食品工业、司法科学、生物技术、环境科学、微生物学、临床诊断、流行病学、遗传学、基因芯片、基因检测、基因克隆、基因表达等领域以聚合酶链式反应(Picymerase Chain Reaction , PCR)为特征的、以检测DNA/RNA为目的的各种病原体检测及基因分析。